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技术服务

基因芯片( Agilent)

发布日期:2013-11-1 14:12:48,浏览次数:0

Agilent芯片特点:

1 表达谱芯片
    在美国FDA组织的MAQC中,作为众多参与该计划的芯片制造商之一,Agilent的表达谱芯片产品无论从检出率,芯片的跨平台比较,数据重复性,平均CV,还是与qPCR的一致性等方面,均表现出卓越的性能。
(1) 独特的喷墨原位合成技术
(2) 探针长度60mer,可以兼顾灵敏性和特异性
(3) 由于采取长探针设计,芯片检出率高
(4) 芯片随信息库及时更新,基因信息更新更全
(5) 灵活的定制方案,客户可任意制作自己的芯片
(6) 平均CV<10%(MAQC:Nature Biotechnology Sept,2006)
(7) 芯片具有良好的可重复性,相关系数R2>0.95(MAQC)
(8) 芯片数据结果与qPCR数据结果具有良好的相关性,相关系数R2>0.9(MAQC)

 
2 个性化定制芯片
    Agilent独特的喷墨原位合成生产技术,使得为客户个性化定制成为可能,两年来,大量的国内外客户利用agilent的生产技术制作了自己的个性化芯片,并发表了系列文章。Agilent成为业界最被认可的定制芯片提供商。

3 Agilent miRNA芯片
    作为miRNA芯片的后起之秀,Agilent miRNA芯片自上市之初就受到业界广泛关注,上市两年来,其优异的性能指标更是获得科研工作者的广泛认可,2009年,稳占国内市场应用第一名。因为其具有很多优点:
(1)  唯一能通过特殊的探针设计区分成熟miRNA和miRNA前体的芯片平台;
(2) 无需分离miRNA,直接用Total RNA 进行实验,只需100ng的Total RNA 即可用来进行标记实验(不包括质检所消耗的量),避免了分离、富集、放大等过程带来的影响;
(3)  样品适用范围广:组织、血清、血浆、FFPE、冰冻切片组织、脱落细胞等均可进行实验;
(4) 高特异性:特殊的专利探针设计能区别一个碱基的差异;
(5)  高灵敏度:检测丰度跨4个log,最高可达6个log,只要存在6000个拷贝的分子就可以检出;
(6) 数据来源于Sanger 13.0版本,并方便及时更新;
(7) 人、大鼠、小鼠之外的动物物种,可以方便的通过earray进行个性化定制。

4 Agilent aCGH芯片
    探针覆盖所有基因组,在包括基因区域(内含子区、外显子区)、基因间区域以及对疾病研究极其重要的亚端粒区域(除重复序列外),因此,利用此平台进行CGH分析具有敏感度高、精确度高、分辨率高(平均分辨率6.4kb)的特点,实验数据可信度高。为了解疾病的生物机理,建立临床诊断和治疗新方法,开发疾病治疗新药物等研究提供有力的帮助。具有如下特点:
(1) 采用Sure-Print技术生产,60-mer寡核苷酸探针;
(2) 根据aCGH实验技术要求专一设计的优化探针,而非用其他表达谱或SNP芯片替代的探针,探针设计依据CSC  Genome  Browser  hg17  (NCBI Build 35)(human), UCSC mm7 (NCBI Build 35) (Mouse)和UCSC rn 4 (Rat),并可方便的进行数据更新;
(3) 探针同时涵盖基因组表达区与非表达区(84% intragenic vs. 16% intergenic),提供更全面的信息;
(4) 对已知疾病基因相关区域实行更高密度覆盖;
(5) Agilent覆盖全基因组的800万已验证的aCGH探针库,客户可以自由访问,可以根据自己要求,进行定制,还有针对特定区域的“zoom-in”探针设计,提供更高的分辨率;
(6) 样品需求量低,仅需0.5ng基因组DNA即可进行实验;同时还可检测福尔马林固定的石蜡样品;
(7) 完善的数据处理软件(CGH Analytics software 3.2),具有图形化显示,强大的数据统计功能,简便易用。
e-array定制芯片及服务

服务特色:
1 高品质探针设计:open-genomics网站提供的全球公认的e-array设计软件,nature biotechnology杂志推荐的60mer长探针策略,再配以欧易生物公司生物信息专家的帮助,可以对任何已知基因组序列或EST 序列的物种进行精准探针设计。
2 美国原厂生产: Agilent公司原厂生产,最尖端的原位合成技术确保与商业化芯片完全一致的品质。
3 低投入、高产出: 无需预先合成探针,无需花费成本进行繁琐的摇菌、抽质粒、PCR、纯化等步骤。
4 避免克隆误差:不受克隆限制,没有克隆,照样制作。
5 没有物种限制:可以对任何有背景信息的物种设计制作芯片并完成服务,大大促进分子生物学手段向农业、林业、海洋生物研究领域的应用。
6 灵活制作: 可定制表达谱芯片、CGH芯片、ChIP on Chip芯片等。


表达谱芯片目录
1.人表达谱芯片
芯片名称:Agilent Whole Human Genome Oligo Microarray(4×44K)
芯片介绍:Agilent 的人全基因组表达谱芯片汇总目前所了解的人类全基因组序列信息,代表了超过41,000人类人类基因和转录本。设计该产品所用的序列信息源于对 RefSeq、Goldenpath、Ensembl和Unigene 等知名数据库的深入研究,并与人类基因组拼接进行比对。绝大多数探针经过 Agilent专利的实验验证程序的检验和优化。
 
2.小鼠表达谱芯片
芯片名称:Agilent Whole Mouse Genome Oligo Microarray(4×44K)
芯片介绍:Agilent 小鼠全基因组表达谱芯片真正代表小鼠基因组中所有已知基因及其产生的转录本,代表了超过 41,174 个小鼠基因和转录本。设计该产品所用的序列信息源于对 UCSC、NIA、RefSeq、Ensembl、Unigene和RIKEN等知名数据库的深入研究,而且绝大多数探针经过Agilent专利的实验验证程序的检验和优化。对研究者而言,这意味着他们可以方便地实现高质量的微阵列分析,用目前最佳的结果获得未来的新发现。

3.大鼠表达谱芯片
芯片名称:Agilent Whole Rat Genome Oligo Microarray(4×44K)
芯片介绍: Agilent 大鼠全基因组表达谱芯片真正代表大鼠基因组中所有已知基因及其产生的转录本,代表了超过 41,012 个大鼠基因和转录本。设计该产品所用的序列信息源于对 RefSeq、Ensembl、Unigene 和GenBank等知名数据库的深入研究,而且绝大多数探针经过Agilent专利的实验验证程序的检验和优化。对研究者而言,这意味着他们可以方便地实现高质量的微阵列分析,用目前最佳的结果获得未来的新发现。

4.水稻表达谱芯片
芯片名称:Agilent Rice Oligo Microarray(4×44K)
芯片介绍:水稻是世界上最重要的粮食作物之一,同时也是植物研究的重要模型。Agilent水稻全基因组表达谱芯片将使科学家能同时研究与生物功能、生长过程、生物性和非生物应抗逆反应等相关的数万个水稻基因。这一的探针设计源自安捷伦和日本国家农业生物科学研究所的成功合作,代表了超过40,000 个水稻基因和转录本,所有注解都可以在RAP-DB数据库进行查询。

5.其他芯片产品
猪表达谱芯片
犬表达谱芯片
马表达谱芯片
兔表达谱芯片
羊表达谱芯片
恒河猴表达谱芯片
非洲爪蟾表达谱芯片
大麦表达谱芯片
小麦表达谱芯片
西红柿表达谱芯片
烟草表达谱芯片

 

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